Se ha discutido si fue creada, fundada, o reabierta, dándole continuidad a la Universidad de Santo Tomás que se había fundado el 3 de mayo de 1843.
Antes de la Universidad de Santo Tomas el 24 de abril de 1814 se había establecido, y abierto sus puertas, ese día, la Casa de Enseñanza de Santo Tomás, que podemos considerar la primera Casa de Educación Superior que se establecía en Costa Rica, donde laboraron como docentes distinguidas personas que luego estuvieron ligadas, muy de cerca, al proceso y proclamación de la Independencia de Costa Rica, en 1821.
A partir de la Independencia las reglamentaciones de la Casa de Enseñanza de Santo Tomás las hacían el Ayuntamiento de San José y la “Tertulia Patriótica”, que fue una institución impulsada por el Br. Rafael Francisco Osejo, que a su vez fue el Primer Rector de esta Institución en 1814.
En 1824, el 10 de diciembre, el Gobierno asumió la protección de la Casa de Enseñanza de Santo Tomás, dándole rentas propias. El gobierno del Primer Jefe de Estado, Juan Mora Fernández, educador de formación, se preocupó de que tuviera “rentas propias”, para asegurar su funcionamiento plenamente.
Los estudios en ese período inicial de la Independencia rápidamente se fortalecieron, cuando el 26 de abril de 1825 el Poder Ejecutivo impulsó la creación de las Cátedras de Derecho, Latín, Francés, Inglés, y se empezó a dar un curso de Medicina, como “el arte de curar las dolencias humanas”. También se dio Física Experimental, Historia Profana, Psicología y Matemáticas, entre otras materias.
El 3 de mayo de 1843 se convirtió la Casa de Enseñanza de Santo Tomás en la Universidad Pública, bajo el auspicio de Santo Tomás, su anterior Patrono.
De nuevo los gobiernos de ese período le mantuvieron las rentas que tenía, y se le dio, además, la cuarta parte del producto líquido de las rentas del tabaco, que se expendiera en todas las tercenas del Estado, así establecido por Decreto del Jefe de Estado José María Alfaro, encargando de su ejecución al Dr. José María Castro Madriz, quien llegó a ser uno de sus Rectores.
El 1 de setiembre de 1843 se redactaron los Estatutos de la Universidad de Santo Tomás. Se mantuvieron los estudios de Jurisprudencia, Teología y Medicina. Es interesante que en sus Estatutos como logo se pusieron elementos usados por la Masonería. El Dr. José María Castro Matriz, siendo Presidente de la República, llegó a ser el Venerable Maestro, la autoridad superior de la Primer Logia Masónica establecida en el país, al impulso del Presbítero Francisco Calvo, quien también se había desempeñado como Capellán General, del Ejército Nacional, durante la lucha contra los filibusteros norteamericanos.
La Universidad de Santo Tomás en la práctica abrió sus aulas el 21 de abril de 1844, siendo su Primer Rector el Presbítero Juan de los Santos Madriz, y José María Castro Madriz, Ministro de Instrucción Pública.
En los años siguientes, 1849, 1858, 1859, 1869, 1870, se hicieron modificaciones a los Estatutos de la Universidad.
En el Gobierno del Gran Presidente, Juan Rafael Mora Porras, en 1854, se construyó el edificio de la Universidad, y se le fortalecieron las rentas o ingresos en la Tesorería Nacional, “cuyo crédito no puede perecer”. El Presidente Mora procuró a asegurar las rentas de la Universidad de manera que no fueran ni a disminuir, ni a la posibilidad de quitárselas. En los años siguientes la Universidad de Santo Tomás asumió un papel importante, impulsando bajo su amparo, instituciones educativas para la formación de jóvenes. Así, el 4 de julio de 1874, el Congreso, por impulso del Presidente Tomás Guardia Gutiérrez, decretó la apertura del Colegio, denominado Instituto Nacional, bajo la tutela de la Universidad de Santo Tomás, y mantuvo, a nivel universitarios, en ese momento, únicamente los estudios de Jurisprudencia, porque no había alumnos para otros estudios.
Se trataba también de fortalecer los estudios secundarios. En el Instituto Nacional se fortalecieron estudios de Humanidades, Historia Sagrada y Profana, cronología y geografía, matemáticas, física, química, geología, astronomía e historia natural, agronomía entre otras materias. El 1 de abril de 1875 se hizo un Reglamento del Instituto Nacional, en el cual se estableció la supervisión del Instituto por el Rector de la Universidad, y se trajeron profesores europeos para trabajar allí, abriendo sus puertas, el Instituto, el 16 de mayo de 1875, nombrándose Rector de la Universidad y del Instituto al Dr. Lorenzo Montúfar. En esta segunda mitad del siglo XIX hubo un impacto muy grande en el nivel cultural, educativo y científico, con gran cantidades de europeos, casi de todas las nacionalidades, que se trajeron al país a trabajar, con resultados muy valiosos, en el momento que el país se abría para procesos migratorios laborales para la construcción del ferrocarril, para lo cual llegaron negros, chinos e italianos, especialmente. El 24 de diciembre de 1879 el Gobierno contrató a Valeriano Fernández Ferraz para dirigir el Instituto Nacional. En 1883 el Presidente Próspero Fernández le fortaleció la vida autonómica a la Universidad, le devolvió el edificio que tenía y le aseguró su propio manejo de su Patrimonio. De nuevo el Gobierno de la República, entendiendo la importancia de la Universidad le aseguró su financiamiento y patrimonio físico ya existente. En 1884, el 10 de marzo, por iniciativa del Presidente Próspero Fernández, se autorizó a la Universidad a fundar un colegio de segunda enseñanza llamado Instituto Universitario. El 12 de agosto de 1885 se decretó por el Congreso Constitucional, a iniciativa del Presidente Bernardo Soto y de su Ministro de Instrucción, por lo demás también de Hacienda, Mauro Fernández, la Ley Fundamental de Instrucción Pública. El entonces Rector de la Universidad, Alejandro Alvarado García, dijo: “Debemos felicitarnos en el Gran Día de la Patria, y felicitar a la juventud, que representa su pensamiento, por el poderoso auxiliar que la Universidad pone en su manos para la prosecución de sus estudios. Con adelantos de este género podemos marchar unidos, con pie firme, por el camino del Progreso intelectual y moral, procurando, siempre el engrandecimiento, la prosperidad y la gloria de Costa Rica”.
Por iniciativa del gran educador Miguel Obregón Lizano el 15 de setiembre de 1884, día de celebración de la Independencia Nacional, se inauguró la Biblioteca de la Universidad, que al cerrarse la Universidad en 1888, se dispuso que esta Biblioteca se orientara para fundar la Biblioteca Nacional, que hoy lleva el nombre del ilustre Educador y Ministro de Instrucción. Asociadas al proceso educativo en esos días se publicaron las Revistas “La Enseñanza” y el “Instituto Nacional”. El 6 de febrero de 1887 se fundó el Liceo de Costa Rica, bajo la dirección y tutela de la Universidad de Santo Tomás, que ya solo tenía la Escuela de Derecho. Y, en 1888, se fundó el Colegio Superior de Señoritas, como las dos instituciones más importantes de educación secundaria en la capital. El 20 de agosto de 1888 la Universidad de Santo Tomás se cerró, porque no “habían condiciones sociales”, ni se estaba en el país en posibilidades de darle la organización que a sus funciones correspondía”. Desde entonces, 1888, la enseñanza del Derecho nunca se interrumpió, porque la Escuela de Derecho permaneció abierta. Las Cátedras de Medicina y Farmacia fueron muy inestables.
Hasta 1888 la Universidad fue el principal centro científico y literario de la República, donde se formó la mayor cantidad de dirigentes del Estado y de la República. El 29 de julio de 1890 el Presidente José Joaquín Rodríguez derogó el decreto de cierre de la Universidad, del 20 de agosto de 1888, y estableció que las propiedades de la Universidad se le devolvieran, sin embargo su Decreto que no se cumplió. En su reemplazo se mantuvieron como Escuelas Superiores de Estudio, la de Derecho y Notariado y la de Ingeniería y Medicina. Al mismo tiempo, el 12 de febrero de 1897 se fundó la Escuela de Farmacia, el 12 de marzo de 1897 la Escuela de Bellas Artes, en 1914 la Escuela de Pedagogía y, en 1926, la de Agricultura. La Escuela de Derecho a partir del 1 de julio de 1891 se dispuso que la dirigiera el Colegio de Abogados, que ya se había fundado en 1882, hasta que en 1941 se integró a la estructura y organización de la Universidad de Costa Rica, que este año había abierto a sus estudiantes. En 1941 se abrió también la Escuela de Ingeniería. En 1906 el Colegio de Abogados se pronunció por abrir de nuevo la Universidad. El esfuerzo siguiente para abrir la Universidad se da en la década de 1930. En este período, el entonces Ministro de Educación, Teodoro Picado Michalski, del tercer gobierno de Ricardo Jiménez Oreamuno, en 1934, empieza a gestionar la apertura de la Universidad.
Bajo el Gobierno de Ricardo Jiménez se hacen negociaciones para traer de Chile una Misión Pedagógica y otra Económica para evaluar en esos aspectos al país. La Misión Económica la encabezó el Dr. Herman Max y la Misión Pedagógica la encabezó el Profesor Luis Galdámez. Con el Profesor Galdámez llegaron los Profesores Oscar Bustos, que tuvo a cargo evaluar la Educación Primaria y el Profesor Arturo Piga, la educación secundaria. Como asistentes de trabajo de esta Comisión se sumaron los profesores, recién graduados de Chile, Isacc Felipe Azofeifa y Carlos Monge Alfaro. Para esos días se había constituido un grupo estudiantil llamado Asociación Cultural de Estudiantes de Derecho. Los jóvenes de esta Asociación estuvieron presionando y movilizándose con la intención de que la Misión Chilena atendiera la necesidad de abrir la Universidad, por lo que ellos luchaban. Así el Profesor Galdámez asumió esa tarea. En esos días se discutió sobre la Universidad Autónoma y sobre la Autonomía Universitaria. El punto medular giraba de si en la integración del Consejo Universitario debía estar o no el Ministro de Educación. Los estudiantes rechazaban su presencia. El propio Presidente Ricardo Jiménez se pronunció señalando que no debía estar. Manifestó que en esa figura si el Gobierno regenta la Universidad, lo que hacía el Gobierno era “darle sombra a la Universidad”, y que la Universidad debía ser “absolutamente libre” de todo tipo de banderías para su cometido académico científico. En esta lucha opinaron con igual sentido Abelardo Bonilla Baldares, Carlos Monge Alfaro, Isacc Felipe Azofeifa, Luis Anderson, Joaquín García Monge, Alejandro Alvarado Quirós, Víctor Vargas Quesada, Benjamín Hernández, Napoleón silva y Teodoro Picado Mischalski.
Durante estos años el Dr. Rafael Angel Calderón Guardia se desempeñaba como Diputado, y seguía de cerca estas discusiones, a las que se había sumado Luis Demetrio Tinoco Castro, que al asumir la Presidencia de la República el Dr. Calderón Guardia, en 1940, le nombra Ministro de Educación y le dio el encargo de gestionar la apertura de la Universidad, así como de impulsar la derogatoria de las leyes liberales, de 1884, en el campo educativo. El discurso al asumir la Presidencia el Dr. Calderón Guardia trazó su ruta de apertura de la Universidad. Luis Demetrio Tinoco, ya como Ministro, el 15 de junio envía el Proyecto de Ley al Congreso y el 20 de junio, de 1940, inició sus gestiones y negociaciones políticas, y con el sector empresarial, para lograrle los votos legislativos al proyecto de apertura de la Universidad. Los estudiantes de la Asociación Cultural seguían activos en esta lucha. El 5 de julio se pronunció a favor el Colegio de Abogados, el 10 de julio se sumó el Colegio de Ingenieros y el 17 de julio se sumó la Facultad de Odontología apoyando la apertura. La discusión final profunda fue de si se restablecía la Universidad de Santo Tomás o se abría o creaba una Nueva Universidad. En el trasfondo, como sombra, estaba el hecho de que la Universidad de Santo Tomás el 7 de octubre de 1852 había sido declarada Universidad Pontificia, como parte de las relaciones que se estaban estableciendo con el Vaticano y el nombramiento que se estaba haciendo del Primer Obispo nacional, el Dr. Anselmo Llorente y La Fuente. El período 1870 -1940 se había caracterizado por gobiernos liberales. El liberalismo político era lo dominante aún cuando ya habían surgido movimientos sociales, reformistas, socialistas y comunistas. El mismo Manuel Mora Valverde, como Secretario General del Partido Comunista, había sido electo en 1934, igual que Rafael Angel Calderón al Congreso de la República, junto con el zapatero comunista Efraín Jiménez Guerrero, que se pasa al gobierno calderonista para apoyar políticas de calzado que el gobierno impulsaba.
El Dr. Rafael Angel Calderón, de tradición católica familiar conservadora, había estudiado Medicina en Europa, en Bélgica, en dos universidades, la Universidad de Lovaina de tradición católica muy fuerte, donde se dice que lo influenció el Cardenal Mercier y el Código Social de Malinas, de esos años, y terminó sus estudios en la Universidad Libre de Bruselas, de influencia socialista, en ese período, de manera que en estas dos vertientes de pensamiento fortaleció el propio el Dr. Calderón Guardia. Cuando se suscitó la discusión de reabrir o fundar la Universidad, tanto el Ministro de Educación, Luis Demetrio Tinoco, como el propio Presidente Rafael Angel Calderón Guardia, siendo ambos de tradición católica cristiana muy fuerte, se pronunciaron por “abrir”, por “fundar” y por “crear” una NUEVA Universidad para no heredar el carácter pontificio que tenía la Universidad de Santo Tomás, y para no “apadrinarla” con este Santo, que ha sido padrino de muchas instituciones educativas en el mundo. El Dr. Calderón Guardia se pronunció con claridad en la importancia de esta separación nominal religiosa. De allí que el acto que se iba a dar, en esos días, era para crear o fundar una NUEVA Universidad, la Universidad Nacional, como se le llamó, a la Universidad de Costa Rica, como hoy la conocemos. En la propuesta de Calderón era abrir la Universidad con bases sólidas y modernas. El 6 de agosto de 1940 el Congreso de la República terminó sus debates sobre la aprobación de la apertura de la Nueva Universidad. El 20 de agosto se aprobó la apertura, como Ley de la República, y se pasó al Presidente Rafael Angel Calderón Guardia para sus sanción Ejecutiva, lo que el Presidente hizo, dándole el Ejecútese, a la Ley de creación de la Universidad, el 26 de agosto, hace 80 años. Para el Dr. Calderón Guardia, continuando lo que ya había manifestado el 8 de mayo de 1940, se le estaba prestando “muy especial atención” a la educación por constituir, “el fundamento de contextura moral del pueblo”, y para concentrar “sus esfuerzos en la fundación de la Universidad Nacional”, añadiendo que la ausencia de Universidad, en el período anterior, había constituido una laguna que había obstaculizado el mejoramiento del nivel intelectual costarricense. Para el Dr. Calderón Guardia, la Universidad debía “irradiar” sus luces y “esparcir el saber por todos los rumbos”, debía “dirigir la opinión pública en materia social, y hacer reverdecer la vida nueva al progreso general de la República”. Igualmente, señalaba, el Dr. Calderón Guardia, que la Universidad debía abrir espacio para aprovechar toda la riqueza intelectual del país, con más opciones de estudios, para evitar “una proletarización” intelectual. La fecha del 26 de agosto de 1940 para la firma del Presidente a la apertura de la Universidad Nacional, o de Costa Rica, no fue caprichosa ni casual. El Dr. escogió esta fecha haciendo coincidencia histórica con el 26 de agosto de 1789, cuando se aprobó la Declaración de los Derechos del Hombre y del Ciudadano, donde se declaraban derechos "naturales e imprescriptibles" la libertad, la propiedad, la seguridad y la resistencia a la opresión. Pero, también, Declaración donde se enfatizaba en que “los hombres nacen y permanecen libres e iguales en derechos”. Donde “las distinciones sociales sólo pueden fundarse en la utilidad común”, en que “nadie debe ser incomodado por sus opiniones, inclusive religiosas, a condición de que su manifestación no perturbe el orden público establecido por la ley” y, en que “la libre comunicación de pensamientos y de opiniones es uno de los derechos más preciosos del hombre; en consecuencia, todo ciudadano puede hablar, escribir e imprimir libremente, a trueque de responder del abuso de esta libertad en los casos determinados por la ley.” Estos preceptos 1, 10 y 11 de la Declaración están implícitos en el concepto de Autonomía Universitaria, en todos sus alcances, de manera que el Dr. Calderón Guardia firmando la creación de la Universidad de Costa Rica la estaba arropando con todos los valores universales más importantes para el ejercicio libre de la vida docente universitaria. A ello sumamos que la educación hoy se considera un Derecho. En Costa Rica cuando el Presidente Jesús Jiménez Zamora estableció la obligatoriedad, gratuidad y el financiamiento de la educación escolar, la estaba reconociendo como un Derecho de la niñez costarricense, y las Reformas educativas de Mauro Fernández, afirmaban ese Derecho para los jóvenes.
El Derecho a la educación es un Derecho Humano que tiene como finalidad establecer una educación primaria para todos los niños y niñas, desarrollar una educación secundaria accesible progresivamente a todos los niños y niñas, adolescentes y jóvenes, y el acceso a la educación superior en función de los méritos. Así, el Derecho a la educación es un derecho fundamental de todos los seres humanos que les permite adquirir conocimientos y alcanzar con ellos una vida social plena. El Derecho a la educación es vital para el desarrollo económico, social y cultural de todas las sociedades El Derecho a la educación hoy es un Derecho Humano reconocido y se entiende como el Derecho a una educación primaria gratuita y obligatoria, para todo ciudadano, una educación secundaria, obligada a desarrollar por parte de los gobiernos, accesible para todos los jóvenes y adolescentes, y un acceso equitativo a la educación superior, con responsabilidad gubernativa de proveer educación básica a los individuos que no han completado la educación primaria, con la obligación de eliminar la discriminación en todos los niveles del sistema educativo. Este Derecho a la Educación está contenido en numerosos tratados internacionales de Derechos Humanos. Su formulación más extensa se encuentra en el Pacto Internacional de Derechos Económicos, Sociales y Culturales de las Naciones Unidas, de 1966, ratificado por Costa Rica. El Pacto en su artículo 13 reconoce el derecho de toda persona a la educación, así, la "enseñanza primaria debe ser obligatoria y accesible a todos gratuitamente"; la "enseñanza secundaria, en sus diferentes formas, incluso la enseñanza secundaria técnica y profesional, debe ser generalizada y hacerse accesible a todos, por cuantos medios sean apropiados, y en particular por la implantación progresiva de la enseñanza gratuita"; y la "enseñanza superior debe hacerse igualmente accesible a todos, sobre la base de la capacidad de cada uno, por cuantos medios sean apropiados, y en particular por la implantación progresiva de la enseñanza gratuita", señalando que debe "fomentarse o intensificarse, en la medida de lo posible, la educación fundamental, para aquellas personas que no hayan recibido o terminado el ciclo completo de instrucción primaria". Desde la creación de la Universidad de Costa Rica se estableció implícitamente la obligación de los gobiernos, sobre el derecho a la educación, a generar educación disponible, accesible, aceptable, y adaptable.
La educación no se considera un simple Derecho Humano más. Se le considera indispensable para el desarrollo de las personas y las sociedades, y se le considera como una herramienta del cambio social, y una forma de superar la pobreza, la marginación y la exclusión social. En sus 80 años la Universidad de Costa Rica ha tenido 15 Rectores, con su actual “Rector” interino. Tiene su Escudo y su Bandera, aprobados en su última fecha el 20 de diciembre de 1999. Ha realizado desde 1946 siete Congresos Universitarios oficiales. Tiene hoy tras grandes campos, la Ciudad Universitaria Rodrigo Facio, que corresponde a la primera sede de instalación, el Area de las Instalaciones Deportivas, y la llamada Ciudad de la Investigación, todas en San Pedro de Montes de Oca, con un total de casi 500 hectáreas. En el campo de la Academia y la Investigación la Universidad hoy tiene Facultades, Escuelas, Sedes universitarias regionales, 8 en el área de las Letras, 20 en Ciencias Sociales, 6 en Ciencias Básicas, 5 en Ciencias Agroalimentarias, 12 en el Area de Ingenierías, 9 en el Area de la Salud, la Escuela de Estudios Generales, el Sistema de Postgrado, y las Sedes Regionales, en San Ramón, Turrialba, Liberia, Puerto Limón, Puntarenas y Golfito. A todo esto suma La Radio Universidad, en sus distintas frecuencias, su Canal 15 de Televisión, el Coro Universitario, el Teatro Universitario, el Jardín Botánico, el Planetarium, Museos universitarios. La Universidad de Costa Rica ocupa el primer lugar de las Universidades de Centroamérica, el 19 de América Latina y un reconocido lugar en las primeras 1000 universidades del mundo. Cuenta la Universidad de Costa Rica de un vigoroso movimiento estudiantil surgido con el Consejo Estudiantil Universitario, desde su fundación, y con la Federación de Estudiantes de la Universidad desde 1958, que se acompaña hoy con grupos políticos y diverso tipo que existen a nivel estudiantil. Con motivo de la celebración del 80 aniversario de la creación de la Universidad de Costa Rica, en mérito y reconocimiento al Dr. Rafael Angel Calderón Guardia, propongo públicamente que la Ciudad Científica, o a la Ciudad de la Investigación, se le nomine, y se le llame Ciudad Científica Universitaria Dr. Rafael Angel Calderón Guardia. Es quizá la mejor forma de agradecerle al Dr. Rafael Angel Calderón Guardia su compromiso de impulsar su apertura.
Con esto se estaría haciendo el mejor reconocimiento, al Gran Reformador Social de Costa Rica, que inició su Reforma Social con la apertura y fundación de la Universidad de Costa Rica, su primera Reforma Social, protegida hoy también por el sagrado manto de los Derechos Humanos en el campo de la Educación Superior.